根据上述职责，五原县机构编制委员会办公室设2个内设机构：

　　1.综合股:负责办公室工作的催办督办、情况综合、文件核发、会务组织、财务管理、档案管理等工作；负责起草工作计划、工作总结、内部管理制度等工作。负责全县党政群机关和事业单位网上名称管理工作。受理违反机构编制规定的检举、控告、投诉及来信来访，并提出处理建议；研究推进全县机构编制管理法制化建设；根据上级业务部门下达的车辆编制总额做好具体分配工作，办理县直行政、事业、企业单位的大小车辆和乡镇车辆的列编手续，负责调查研究和监督检查全县车辆编制的执行情况并进行调整和整顿，会同有关部门查处超编违纪车辆，负责全县车辆编制的建档工作和统计工作。

　　2.业务股:拟订行政管理体制改革与机构改革的总体方案；审核县委、人大、政府、政协、法院、检察院机关及各民主党派、群众团体机关的管理体制和机构改革方案，并组织实施；审核县委、县人大、县政府、县政协、县法院、县检察院机关以及各民主党派、群众团体机关的职能配置、内设机构、人员编制；协调各部门之间的职责分工；负责机构改革和机构编制管理工作；参与研究各级行政管理体制和机构改革的总体方案及机构改革工作。参与监督检查县直各部门职能履行情况，以及各单位机关职能配置和机构编制执行情况。负责机构编制微机管理的业务培训和机构编制统计工作；拟订事业单位管理体制改革和机构改革方案，以及事业单位机构编制管理的政策、规定和办法；审核事业单位的机构编制方案；负责县直机关所属事业单位的机构改革工作；审核县直机关所属及乡镇所属事业单位的设立、人员编制的核定；在全县事业编制总额内，协调各有关部门，对全县各级、各类事业单位编制进行调整；提出参照公务员法管理事业单位的行政管理职能认定意见，审核县直部门所属的承担行政职能、参照公务员法管理的事业单位机构编制事宜。